С нештатной Вебасто и не такое может быть. Прошлые TSI бывало в морозы за -20 после прогрева нештатным котлом и не заводились с первого раза, либо заводились с подгазовкой как старые Жигули. Всё потому что ЭБУ не в курсе что установлен котел (нештатный котел не интегрирован в мозги), в результате на датчиках разные температуры и ЭБУ не понимает почему. В ваше случае не факт что дилер поможет, т.к. он работает только со штатной Вебасто. И все перепрошивки будут касаться в первую очередь только владельцев штатного предпускового. Дилер Вебасто тоже не поможет, такое уже было - они отписывали что наш котел исправно работает и греет ваш двигатель/салон, то что у вас движок глючит после прогрева нашим котлом это к производителю авто. Я вас не пугаю, просто такие ситуации действительно были. При подобных глюках оф дилеры Вебасто советуют либо дольше греть двигатель (минут 40) чтобы он более полно прогрелся и тогда заводить, либо выдерживать после отработки котла паузу в 10-15 минут и только потом заводить (типа температуры на датчиках более менее выровняются). Если есть сигнализация с автозапуском, то на некоторых продвинутых моделях можно отсрочить автозапуск после отработки котла, на тиговском форуме люди ставили задержку в те же 10-15 минут.
У вас проблем с запуском и устойчивой работой двигателя сразу после запуска пока не было, но судя по включению вентилятора ЭБУ явно пытается спасти движок от перегрева не понимая что он греется котлом.
Попробуйте оба способа и отпишитесь пожалуйста.